Cajori a écrit au début de sa carrière quelques manuels pour l’enseignement, mais ne se consacra jamais à d’autre domaine de recherche que l’histoire des mathématiques. Sa réputation dans ce domaine était très grande de son vivant, comme en témoignent plusieurs prix, son recrutement à Berkeley, et les circonstances particulières de celui-ci. Il est plus critiqué aujourd’hui par les historiens des sciences, par exemple pour son adaptation d’une traduction en langue anglaise des principia mathematica d’Isaac Newton. Cependant son œuvre majeure, A History of Mathematical Notations (une histoire des notations mathématiques) parue en 2 volumes de 1928 à 1929, reste aujourd’hui une référence de premier plan en la matière, encore très largement citée.